三门版

为了进一步提高车辆的适应能力，满足大运量交通系统的需求，增加的乘客门，可以大幅度提高乘客乘降速度，提高线路运行效率，列车最大载客量可达1480人左右。

2017年09月28日，金山铁路迎来开通运营五周年，2组CRH6A动车上线运行（0420、0421），更好地满足上下班高峰时段的旅客出行。

2017年12月31日，北京市郊铁路城市副中心线正式开通，5组CRH6A投入运营（0436-0439、0623）。

样车

2020年03月广东珠三角城际轨道交通采购原5组样车，其中青岛四方机车车辆股份有限公司生产的样车CRH6A-4002更名为CRH6A-0478，南京浦镇车辆有限公司生产的CRH6A-4502更名为CRH6A-0649，两组车均使用CTCS3-300S + ATO，0478已于2020年底前投入运营，0649于2021年11月交付。截至2022年1月，0478与0649运用于广肇城际线。随着广肇城际移交广东城际并于广惠城际铁路贯通运行，目前0478和0649也运行于广肇-广惠线路。

主辅分离模式的牵引系统牵引变压器设有单独的牵引绕组和辅助绕组。主变流器和辅助变流器在电气结构上完全独立、互不影响，这是主辅分离模式的一个重要优点。但主辅分离模式下，主变流器和辅助变流器单独成柜，冷却系统分开，相应设备总体积和总重量等显著增加。主辅分离模式下，若1台牵引逆变器带2台牵引电机实现架控，而1台牵引逆变器带4个电机则实现车控，CRH6A的牵引系统属于主辅分离模式下的车控模式。