2017年04月28日，珠三角地区4组广珠城际铁路新版本CRH6A（0414-0417）正式上线运行，2018年01月12日，12组CRH6A（0611-0622）投入广深城际线，为春运保驾护航。该车后续调至广珠城际运行。

与佛肇和莞惠的版本相比，广珠及之后其他线路使用的CRH6A不支持ATO自动驾驶，使用CTCS2-200C，且支持LKJ2000，可以跨线运行于其他既有线路。内部构造与广佛肇和莞惠的CRH6A区别不大，但还是做了一些小改动，以适应较长交路的运营，列车在1车和8车的驾驶室后面，增加机械师室，列车在4车和5车之间，在4车的端部增加一个列车长监控室，列车在洗手间的对面，增加工具柜。

2018年02月10日，河南城际铁路郑州中原城市圈城际铁路（郑开线、郑焦线、新郑机场线等）逐步更换为8组CRH6A动车组（0422-0429），以替换CRH2A等干线动车组并实现公交化运营。

三门版

CRH6A系列提供高度的定制化，各运营主体可根据需求进行定制，为进一步提高车辆的适应能力，满足大运量交通系统的需求，CRH6A还提供三门版本，增加的乘客门可以大幅度提高乘客乘降速度，提高线路运行效率，面向市郊通勤使用的上海与北京市郊铁路使用三门版本以提高线路运行效率。

2017年09月28日，金山铁路迎来开通运营五周年，2组CRH6A动车上线运行（0420、0421），更好地满足上下班高峰时段的旅客出行。

2017年12月31日，北京市郊铁路城市副中心线正式开通，5组CRH6A投入运营（0436-0439、0623）。

技术提升

CRH6A于2017年之后新造的列车进行统型化，同时优化了列车网络结构，早期列车使用与CRH2相同的极其落后的ArcNET网络标准，运营与维护都极其复杂，后续新版本列车更换为先进的TCN列车网络。

主辅分离模式的牵引系统牵引变压器设有单独的牵引绕组和辅助绕组。主变流器和辅助变流器在电气结构上完全独立、互不影响，这是主辅分离模式的一个重要优点。但主辅分离模式下，主变流器和辅助变流器单独成柜，冷却系统分开，相应设备总体积和总重量等显著增加。主辅分离模式下，若1台牵引逆变器带2台牵引电机实现架控，而1台牵引逆变器带4个电机则实现车控，CRH6A的牵引系统属于主辅分离模式下的车控模式。

大多数CRH6A牵引系统继承CRH2A的主辅分离设计，每四辆组成一个动力单元（TMMT-TMMT），牵引变压器设在2、6车，大部分列车采用ATM9型牵引变压器，牵引变流器位于2、3、6、7 车，牵引系统采用车控模式，每台牵引变流器包含1台逆变器，向4台牵引电机供电，辅助逆变器位于1、4、7、8车，将从牵引变压器获得单相400V交流电逆变为车辆空调、照明系统使用的不同电压。由于辅助供电采用交流，辅助电源由主变压器绕组取电，因此通过分相无电区时，辅助电源同样会断电，车内空调、照明等用电设备将会断电。

YQ-300牵引电机重量475 kg，额定功率300 kW，牵引系统允许短时功率345 kW，与CRH2系列MB5120相比，YQ-300输入电压由AC 2000 V降至1850 V，输入电流由100 A增加117 A以增大启动转矩和牵引力，进而提高启动加速度，最大转速与MB-5120-A同为6120rpm，传动比调整为4.316，系统允许最大再生制动功率565 kW。CRH6A低速阶段由CRH2系列准恒转矩控制改为恒转矩控制，在0~63 km/h恒牵引力，63 km/h后进入恒功率输出，牵引力随车速增加而下降。0~63 km/h阶段加速度约为2.34 km/h/s，而0~200 km/h平均加速度约为1.29 km/h/s。

转向架分为动车转向架和拖车转向架，采用H型焊接构架、转臂定位装置、无摇枕二系悬挂系统、大柔度空气弹簧、整体式齿轮箱、架悬牵引电机、空气制动夹钳等，构架采用箱形全钢板焊接结构，其内腔兼作空气弹簧附加空气室。为提高制动盘的热容量，采用成熟结构的空气制动夹钳，增大制动缸直径和制动力，满足城际动车组快速制动要求。每轴可配置停放制动夹钳，以满足列车在最大超员情况下停放在最大坡道上不溜车的要求。

CRH6A以1M1T为制动控制单元进行制动力管理。单元内优先使用M车的电制动力，电制动力不足时优先补充T车空气制动力，如制动力仍不满足需求，则由M车进行空气制动补充。